С начала войны институт оказался в очень трудных условиях. В августе 1941 года все учебные и жилые здания института (специально построенные на Арском поле, ныне ул. Н. Ершова, в 90-х годах XIX века) были переданы эвакуированному военному заводу. Взамен институту предоставили во временное пользование помещения в семи точках г. Казани. Многие из этих помещений совершенно не были приспособлены для занятий, отсутствовали водопровод, канализация, техническая электросеть и т.д. Но и в этих условиях руководству института удалось сохранить материальную базу, учебное и лабораторное оборудование, квалифицированные педагогические кадры и наладить учебный процесс.

Директорами института в годы воины работали доцент Г.Н. Борисов (1939-1943) и профессор В. Г. Мухин (1943-1945). Самое главное в работе института заключалось в подготовке для армии и сельского хозяйства высококвалифицированных ветеринарных врачей и участие в проведении зооветеринарных мероприятий. В результате напряженной работы в институте досрочно были сделаны два выпуска ветеринарных врачей. Из 242 молодых специалистов, окончивших вуз в первый год войны, большинство ушло в армию. В последующие военные годы были подготовлены еще 276 ветеринарных врачей. Они немедленно включились в активную производственную деятельность в различных регионах страны. Многие были направлены для восстановления разрушенных хозяйств в освобожденных районах.

В условиях военного времени огромную роль играла работа военных ветеринаров. Еще в 1925 году при Казанском ветеринарном институте было открыто военно-ветеринарное отделение. Первый выпуск военно-ветеринарных врачей в Казани состоялся в 1929 году. В 1930 году военное отделение было реорганизовано в военно-ветеринарный факультет при Московском зооветеринарном институте, а затем в военно-ветеринарную академию. Значительная часть военно-ветеринарного генералитета в годы Великой Отечественной войны были выпускниками Казанского ветеринарного института: генерал-лейтенанты Н.М. Никольский, В.М. Лекарев, Н.М. Власов, Н.М. Шпайер, генерал-майоры С.Л. Аличкин, М.С. Ганнушкин, В.Ф. Капустин. В институте проводилась большая работа по повышению квалификации зооветработников. Преподаватели работали в госпиталях Казани, подготавливали из числа инвалидов войны заведующих животноводческими фермами, животноводов и пчеловодов. Эта работа имела огромное хозяйственно-экономическое и морально-психологическое значение. По сути, проводилась социальная реабилитация инвалидов войны. На этих курсах животноводов в госпиталях города было подготовлено свыше 1000 специалистов для сельского хозяйства региона. Группа ученых института по заданию Совета по использованию производительных сил на помощь фронту под руководством академика К.И. Скрябина проводила эксперименты по изысканию новых кормовых источников. Всего за годы войны ученые выполнили 166 научных работ и опубликовали два учебника (профессоров К.Г. Боля и А.П. Студенцова). Продолжалась и подготовка научно-педагогических кадров. За годы войны в институте было защищено 16 докторских и 28 кандидатских диссертаций. Трудным испытанием для коллектива института было участие в строительстве оборонительных сооружений «Казанского обвода» осенью и зимой 1941 года. В 30-40-градусные морозы профессора, преподаватели и студенты самоотверженно трудились, выполняли нормы выработки, запланированные на каждый день. За добросовестный труд коллективу института начальником строительства была объявлена благодарность, а профессоров С.И. Афонского и А.П. Студенцова наградили Почетными грамотами Верховного Совета ТАССР. С первых дней войны преподаватели, сотрудники и студенты регулярно отчисляли часть заработка и стипендии в фонд обороны. Только за год войны они внесли 21568 рублей деньгами и 7545 рублей облигациями госзаймов на постройку танковых колонн «Советский ученый» и «Советский студент». В мае 1944 года коллектив института собрал в фонд Красной Армии 40000 рублей и просил использовать эти средства на оснащение кавалерийского подразделения. В ответ на имя руководства института была получена телеграмма от И.В. Сталина: «Прошу передать профессорам, преподавателям, студентам, служащим Казанского ветеринарного института имени Баумана, собравшим 40000 рублей в фонд Красной Армии, мой братский привет и благодарность Красной Армии. Желание коллектива института будет исполнено». В фонд обороны и для освобожденных от немецких захватчиков районов коллектив собрал около 200000 рублей.

Важной формой помощи фронту был сбор теплых вещей и подарков для военнослужащих и партизан. Сотрудники института послали фронтовикам более 2300 теплых вещей. Большую шефскую работу проводил коллектив Казанского ветеринарного института в двух госпиталях города. Сотрудники и студенты помогали при приеме раненых с поездов и их перевязке, дежурили в палатках у больных, сдавали свою кровь. В годы войны в городе было развернуто много госпиталей, для которых ежедневно казанцы сдавали 60 литров крови. Коллектив института, ныне академии ветеринарной медицины, свято чтит память о героических днях Великой Отечественной войны. Ежегодно в канун Дня Победы проводится торжественное построение коллектива.

В дни празднования 40-летия Великой Победы перед главным зданием института установлена памятная стела. На ней высечены пророческие слова: «Подвиг героев Великой Отечественной войны не померкнет в веках!».

(по материалам Г.Р. Рысаевой)